辅助生殖行业背景
我国不孕不育率逐年攀升,根据《柳叶刀中国妇幼健康特邀 重大报告》预测数据,2023年我国不孕率18.2% ,预计2025年将接近20%。不孕不育率的快速上升意味着辅助生殖服务潜在需求人数 增长,从而驱动辅助生殖市场扩容。辅助生殖(ART)由三种手段组成:人工授精、配子移植技术、体外受精-胚胎移植(IVF-EF)。其中体外受精-胚胎移植即试管婴儿,是指将不孕夫妇的卵子和精子通过人工方式取出,在体外培育受精并完成早期胚胎发育后,再移植回母体子宫内实现妊娠。
图1.辅助生殖诊疗过程(来源:艾瑞咨询)
辅助生殖技术:从“盲选”到“优选”的生育革命
中国每年新增出生缺陷儿约90万例,其中单基因遗传病占比高达22.2%。随着基因检测技术的突破,PGT(胚胎植入前遗传学检测)技术为这些家庭提供了从源头阻断遗传病的新选择。迄今为止,全球已经有数万例家庭通过试管技术助孕,顺利圆梦→获得健康宝宝!诚然一个个试管宝贝的诞生也见证了辅助生殖技术从无到有,从有到优的过程;该技术的不断更新升级更帮助人们有效解决“生不出”难题,且致力于化解“生不好”的困扰。
PART.1
什么是第三代试管婴儿PGS和PGD技术?
第三代试管婴儿即胚胎植入前遗传学筛查诊断技术(PGS/PGD),主要是对胚胎的遗传物质进行检测。PGS即胚胎植入前遗传学筛查,是对胚胎的染色体数目和结构进行检测,分析对比是否有重复、缺失或易位等异常情况;PGD即胚胎植入前遗传学诊断,是对染色体上的基因进行检测,诊断胚胎有没有携带导致某种特定疾病的基因突变。
根据世界卫生组织的定义,PGD\PGS有了新的命名,统一称PGT,包括PGT-A,PGT-M,PGT-SR;PGT技术通过在体外受精后对胚胎进行基因检测,筛选出无遗传缺陷的胚胎进行移植,将遗传病防控从产前诊断提前至胚胎阶段。这一技术被誉为“第三代试管婴儿”。
图2.PGT的工作流程
PART.2
PGT 的分类
表1.PGT的分类
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分类 |
定义 |
临床意义 |
PGT(Preimplantation Genetic Testing)胚胎植入前遗传学检测 |
PGT-A(PGT for Aneuploidies) |
胚胎植入前染色体非整倍体检测 |
检测胚胎染色体是否存在非整倍体现象,目的在于提高胚胎活产率,降低不良妊娠率,以及预防染色体数目异常,相当于原有的PGS技术。 |
PGT-M(PGT for Monogenic/Signle gene) |
胚胎植入前单基因遗传病检测 |
检测胚胎是否携带某些可导致单基因疾病的突变基因,目的在于靶向阻断单基因遗传疾病,相当于原有的PGD技术中的一部分。 |
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PGT-SR(PGT for Chromosomal Structural Rearrangement) |
胚胎植入前染色体结构异常检测 |
检测胚胎是否存在倒位、平衡易位和罗氏易位等染色体结构异常问题,目的是阻断染色体结构异常的遗传,相当于原有PGD技术中检测胚胎染色体结构异常的部分。 |
PGT-A
利用单细胞扩增技术和NGS技术对辅助生殖过程中体外培养的卵裂期或囊胚期胚胎进行检测,既单细胞测序全基因组扩增(WGA),该技术可检测全部的23对染色体非整倍体、≥4Mb的染色体片段缺失和重复、≥10Mb且比例≥30%的嵌合和夫妇一方或双方已知1-4 Mb遗传型CNVs。测序数据量1-2 M左右。
目前存在的主要三种扩增方法有:简并寡核苷酸引物PCR扩增(DOP-PCR)、多重置换扩增(MDA)、多次退火环状循环扩增(MALBAC),三种方法各有优缺点。
表2.单细胞扩增技术的三种方法对比
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原理 |
优点 |
缺点 |
DOP-PCR |
用随机引物进行指数扩增 |
MALBAC和DOP-PCR相比于MDA,覆盖的均一度更好,从而对检测大于1Mb的拷贝数变异(CNVs)的灵敏度和特异性更强。 |
起始模板量低时扩增偏差大 |
MALBAC |
多次退火环状循环扩增技术 |
起始模板量极低时扩增难度加大。 |
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MDA |
利用随机引物和链置换的ϕ29聚合酶,在DNA的多个位点同时开始复制,既多重置换扩增 |
MDA相比于MALBAC有更高的覆盖度,从而可以检测更多的单核苷酸变异(SNVs) |
MDA是非线性的扩增,依然存在较大的扩增偏好性。 |
DOP-PCR
采用随机引物或者部分随机引物,通过热循环实现指数扩增,具体来说DOC-PCR(Degenerate Oligonucleotide Primed PCR),即退化寡核苷酸引物PCR,是随机扩增得到全基因组序列的;这不同于一般的PCR,一般的PCR只能扩增特定的DNA片段。该技术需要使用简并配对引物,即类脱氧肌苷引物,它可以结合到DNA任何部位。引物的3’端为6bp退化寡核苷酸,5’端为正常的碱基。3’端和DNA链随机结合,最初几个循环退火温度要低(30℃左右),然后延伸直到5’端引物配对处。但该技术容易造成碱基对突变、短串联重复( short tandem repeat,STR)增加或减少。
图3.DOP-PCR原理
多次退火环状循环扩增技术
技术原理:拟线性的扩增过程降低了指数扩增的序列偏好性。扩增引物,5’含有27 bp的共同序列,3’是8 bp的随机序列。利用特殊的随机引物,使扩增产物能首尾互补形成环,进行近乎线性的全基因组预扩增,再通过PCR技术进行指数式扩增,从而降低扩增过程中错误累积。扩增偏好性可重复,适合CNV检测;聚合酶保真性一般,不适合SNV检测。
图4.MALBAC原理图
多重置换扩增
采用随机6碱基引物,在恒温条件下,由Phi29 DNA聚合酶引导,与模板DNA结合,进而置换模板的互补链,而后循环扩增。Phi29 DNA聚合酶相对传统的DNA聚合酶具备更高的扩增效率和保真性。具体来说MDA扩增原理是使用随机的六聚体引物和phi29DNA聚合酶进行反应,在恒温条件下进行扩增。该聚合酶具有很强的链置换特性,可扩增产生50~200 kb的DNA片段,可用于构建大片段文库,同时该酶还能以新合成的DNA子链为模板,继续合成新的DNA子链,扩增产量高,同时由于其3’-5’核酸外切酶活性和校对活性,phi29 DNA聚合酶具有很高的复制保真性,准确性更高、基因组覆盖度更高,适用于SNV分析。虽然产物产量高和扩增产物长度可达100 Kb左右,覆盖度好,但是对样本质量要求高且指数扩增的偏好性重复性不好,不适合CNV类检测。
图5.MDA单细胞基因组测序流程
PART.4
生育健康NGS检测产品选择指南
产品应用 |
产品类别 |
产品名称 |
产品货号 |
NIPT |
cfDNA提取 |
18382ES |
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机械法建库 |
12927ES |
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机械法建库 |
13577ES |
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遗传病检测 (WES/CNV-seq) |
血液gDNA提取 |
18504ES |
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酶切法建库 |
12194ES |
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PGT-A |
单细胞全基因组扩增 |
12510ES |
|
酶切法建库 |
Hieff NGS® C169P1 OnePot Pro DNA Library Prep Kit 一步法DNA建库试剂盒 |
13570ES |